В 1997 г. была создана «Немецкая национально-культурная автономия Томской области», которая в 2012 г. перерегистрирована как Региональная общественная организация «Национально-культурная автономия немцев Томской области».
22 октября 1997 г. состоялась учредительная конференция, в которой приняли участие 34 делегата, избранные на собраниях членов общества «Wiedergeburt» («Возрождение») и томского отделения межрегионального фонда «Bildung» («Образование»). Был принят устав НКА, избран совет из 15 человек и ревизионная комиссия (3 чел.).
Немецкая НКА Томской области – пятое (по времени ее возникновения) в России объединение граждан немецкой национальности. В 1996 г. Томская НКА участвовала в создании Федеральной немецкой НКА (декабрь 1997 г.).
В основу деятельности Автономии положены принципы добровольности, самоорганизации и самоуправления. Главная задача НКА – создание условий для сохранения, изучения и распространения среди немцев Томской области родного языка, обеспечение условий сохранения и развития истории, культуры и традиций российских немцев, участие в решении социальных вопросов.
За годы работы НКА Томской области тесно сотрудничала со многими организациями из Германии, среди них, Общество технического сотрудничества (GTZ), Землячество российских немцев в Германии.
В разное время Автономию возглавляли Л.Э. Глок, М.П. Ротикер, А.А. Фрицлер, А.М. Адам. В июне 2012 года Председателем НКА был вновь избран Леонид Эдуардович Глок. Ревизионную комиссию возглавил Иван Яковлевич Шейерман.
В настоящее время с октября 2015 г. Председателем Национально-культурной автономии немцев Томской области является Александр Мартынович Адам, профессор, зав. каф. экологического менеджмента Национального исследовательского Томского государственного университета. Ревизионную комиссию по-прежнему возглавляет Иван Яковлевич Шейерман.